J'utilise beaucoup Windguru et je l'apprécie surtout parce que toutes les infos sont rassemblées sur une page. Sur NWW3 par exemple il donne à la fois des prévisions sur la houle et sur la mer du vent, donne les périodes et les directions.
http://marc.ifremer.fr est très complet et donne aussi ces infos, mais il faut jongler entre les cartes.
Sur les vagues il y a tant à dire, mais voici un petit résumé. Les autres pourront compléter/corriger

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Pour répondre à ta question Thierry, la houle peut venir de plusieurs directions différentes, l'étalement directionnel est le paramètre qui permet de savoir si la houle vient de plusieurs directions ou pas. Sur marc.ifremer.fr on trouve cette info en cliquant sur "Spectre", s'affiche la page "Spectre f'réquence direction" ci-dessous
En général sur les prévisions météo c'est la hauteur et la direction de la houle la plus forte qui est indiquée. Parfois sur windguru j'ai vu indiqué la hauteur et direction d'une houle secondaire, je suppose parce qu'elle était significative.
J'utilise le terme "clapot" pour désigner les vagues créées par le vent local et "houle" pour désigner les vagues générées à distance. En mer on arrive à distinguer les deux assez facilement. Le clapot a souvent une période (durée entre deux vagues) assez courte, plus courte que la houle généralement. Et le clapot est plus ou moins aligné avec le vent local (sauf si changement récent). Il peut y avoir un gros clapot de plusieurs mètres par forte tempête.
Le fetch influence beaucoup la hauteur du clapot. Le fetch c'est le temps ou la distance pendant laquelle le vent souffle sur la mer sans obstacle. Plus le fetch est court, moins le clapot sera haut.
Pour estimer la puissance des vagues que je vais rencontrer près des côtes (plages, rochers exposés à l'océan, etc), les 3 paramètres direction/hauteur/période sont importants.
- Direction parce que du coup certaines côtes seront mieux protégées que d'autres. Dans une certaine mesure la direction de la houle est influencée par la côte : elle s'enroule autour des pointes par exemple (diffraction), en perdant un peu de sa puissance.
- Hauteur : évidemment.
- Période : des grandes périodes comme 15, 20 secondes ou plus accroissent considérablement la puissance des vagues. Voici
la formule 
. Une houle de 3m avec 5s de période sera moins puissante qu'une houle de 2m avec 20s de période.
La hauteur des vagues s'accroit considérablement par vent contre courant et leur période diminue (elle sont plus courte et plus raides), c'est d'ailleurs un repère que j'utilise très couramment pour déterminer où se trouvent les bonnes veines de courant sur le plan d'eau (entre autres, bien sûr).
Derrière certaines îles ou dans certaines configurations de côtes, peut se produire un effet lentille qui fait qu'un train de houle est séparé et converge derrière l'obstacle, on a alors une mer avec une houle croisée assez désagréable, qui génère de plus des vagues triangulaires (pointues) plus hautes que la houle initiale.
Aux abords des falaises et rochers, les zones profondes et les parois qui plongent verticalement dans l'eau sont les plus sûres parce qu'on évite alors le risque de déferlement : l'eau ne fait que monter et descendre, avec une amplitude moindre que là où l'eau peut s'engouffrer et générer un ressac violent.
Généralement (il y a des exceptions et c'est de l'à peu près) aux abords des côtes le déferlement le produit quand la profondeur atteint la hauteur de la vague.
Voici le lien entre fetch, durée du vent, vitesse du vent, période et hauteur des vagues :

Source :
http://www.clubdesargonautes.org/energie/houle.php